Sau khi đạt được thỏa thuận kết quả tại Hội nghị Munich đã trao cho Đức quyền kiểm soát đối với một số phần đáng kể của Tiệp Khắc, phần còn lại chính thức chịu sự cai trị của Đức vào tháng 3 năm 1939. Trong khi Slovakia trở thành một quốc gia vệ tinh riêng biệt của Đức, các Vùng đất Séc được biến thành một nước Bảo hộ Bohemia và Moravia dưới sự thống trị của Đức.[10]

Hai cơ cấu riêng biệt để quản lý lãnh thổ của nó tồn tại trong chính quyền bảo hộ.[11] Chính quyền Bảo hộ được chính thức chia thành hai Länder (bang): Bohemia và Moravia, lần lượt được chia nhỏ thành một số đơn vị nhỏ hơn. Đức Quốc xã thực hiện một hình thức tổ chức hoàn toàn khác bằng cách thành lập bốn đảng khu riêng biệt trong khu vực, và điều phối các khu vực này về mặt tổ chức cho các khu vực xung quanh Gaue và Reichsgaue: Sudetenland, Bayreuth (Bayerische Ostmark), Hạ Danube, và Thượng Danube.[11] Hai cách thức này tiếp tục tồn tại cùng với chế độ bảo hộ trong suốt thời gian tồn tại của nó.[11]